Pra quem não sabe o MobileSubstrate é um tweak "mais-que-essencial" do Cydia, tanto que quando você faz o jailbreak ele é um dos tweaks que já vem instalados.
A atualização que foi feita hoje pelo @saurik, o "dono" do Cydia permite com que o MobileSubstrate seja desligado no boot, para que quando você faça um download de algo do Cydia e dê pau, no boot você desativa todos os tweaks, apertando o botão "volume+" do seu iOS. Quando você pressiona o "volume+" do seu iOS até ele der boot, o seu aparelho irá ligar em modo de segurança, com isso você poderá identificar os erros.
A nova versão do MobileSubstrate é a 0.9.3997
Veja o vídeo que os amigos do iDownloadBlog fizeram e você entenderá com as imagens a nova função: